1947年3月14日，美菲军事基地协定签订，租期99年。协定主要内容是，美国租用菲律宾23处陆海空基地，根据需要可增加和开辟新的基地，在基地内美国享有广泛的治外法权。美国在菲律宾的军事基地主要有吕宋岛南部的苏比克海军基地和克拉克空军基地，也是美国在太平洋上的主要基地。

1979年双方修改协议，菲律宾收回基地主权，任命一名菲律宾人为基地指挥官，但美国指挥官仍保留控制权。每五年对协定审查一次，1991年协定期满后，如双方同意方可延长，美国在五年内向菲提供五亿美元援助，作为对使用基地的补偿。

1983年6月美菲双方又签署一项协议，菲同意美国从1984-1989年继续使用苏比克海军基地和克拉克空军基地，美国则向菲提供9亿美元的经济和军事援助。